Der ehemals reiche und vielfältige Fischbestand der Region konnte sich erst durch die Entstehung des dichten Brandenburger und Berliner Gewässernetzes entwickeln. Diese Gewässerlandschaft bildete sich vor ungefähr 10 000 Jahren durch das Abschmelzen des Weichselgletschers, der im südöstlichen Mittelgebirgsraum lag und durch den auch das Berliner Urstromtal entstand. Die Fläche des heutigen Stadtzentrums von Berlin lag fast gänzlich im Wasser. Sichtbare Reste sind die vielen kleinen Seen im Tiergarten, der einmal eine üppige Sumpflandschaft war.
Westlich der Oder und Neiße erstreckte sich das Gewässernetz über die Lausitz Richtung Spreewald in die heutige Spree und weiter über Lübben, Luckenwalde und Tangermünde bis in die Untere Havel. Hier wurde während des Abschmelzens des Gletschers Wasser aufgestaut, das Richtung Westen abfloss. Zwischen der Havel, dem Elbsystem, der Weser und dem Rhein entstanden so für Fische und andere Lebewesen passierbare Verbindungen. Dadurch konnten beispielsweise drei Neunaugenarten und 33 weitere Fischarten die Gewässer des Stadtgebietes von Berlin besiedeln. Heute sind die Neunaugenarten in Berliner Gewässern ausgestorben, die häufig vorkommenden Fischarten auf 13 zurückgegangen.
Die ersten Berliner waren Fischer. Die Ausübung der Fischerei lässt sich seit der mittleren Steinzeit (8000 - 3000 v. Christus) nachweisen. Dahme, Spree und Havel mit ihren vielen Krümmungen, üppigem Gelegewuchs und seichten Ufern boten ideale Voraussetzungen dafür. Angeln, als Teil der Freizeitgestaltung und zur Beschaffung des "Sonntagsbratens" ist auch heute noch ein weit verbreitetes Vergnügen. Jährlich fangen die 14 Haupt- und 16 Nebenberufsfischereien Berlins ca. 300 Tonnen Fisch – zumeist Plötzen oder Brassen -, die täglich auf verschiedenen Märkten frisch oder geräuchert vertrieben werden.
Seit dem Mittelalter, aber vor allem seit dem 17. Jahrhundert, sind Staumaßnahmen an den Berliner Gewässern bekannt, die den Hauptkolonialisierungsweg für Fische erheblich beeinträchtigen. Zunehmende Begradigungen, Entwässerungen und Kanalisierungen machen die notwendigen jährlichen Wanderungen der Fische dadurch fast unmöglich, überlebensnotwendige Überschwemmungsflächen für das Laichen wurden systematisch zerstört. Anfang des 20. Jahrhunderts brachen die Fischbestände dadurch fast völlig zusammen, auf 80 km der Havelstrecke verloren ungefähr 1.100 Fischer ihre Erwerbsgrundlage.
Die Stauanlagen verminderten außerdem die Fließgeschwindigkeit der Spree und lösten damit einen Sedimentationsprozess aus. Die Ablagerung von feinkörnigem in Verbindung mit organischem Material am Kiesboden führte zu Verschlammung und reduzierte den Sauerstoffgehalt des Wassers. Fischarten wie die Barbe, Schmerle und Neunauge fehlten dadurch geeignete Laich- und Lebensräume. Sie starben in der Spree aus. Neben Stauanlagen führten auch die Einleitungen von städtischen Abwässern zu massivem Fischsterben.
Der Aal legt einen bemerkenswerten Weg zurück, bevor er europäische Gewässer erreicht. Er laicht in der Sargassosee vor Florida, durchquert den Atlantik, um über die Nordsee in die Elbe oder Weser, dann in die Havel und letztlich in die Spree nach Berlin zu gelangen. Diese Wanderung ist heute jedoch durch Wehre, Schleusen und Staustufen unmöglich geworden. Dadurch muss der Aalbestand immer wieder künstlich aufgestockt werden. Nach 5-15 Jahren würden Berliner Aale, wenn es ihnen möglich wäre, als ausgewachsene Fische wieder zurück in den Atlantik wandern.
Der Aland ist ein in Berliner Gewässern heimischer Fisch, dessen Verbreitung sich vom Rhein bis Jakutsk in Sibirien erstreckt. Er wurde wegen seines Aussehens als Zierfisch in verschiedene Länder Europas bis in die USA exportiert. Der ausgewachsene Aland isst Schnecken, bevorzugt relativ seichte Gewässer und zieht während des Frühlings zum Laichen auf den Boden der Flussbecken. Leider ist er in der Spree nur noch in einem kleinen Teil des Flusses zu finden.
Der Barsch bevorzugt strömungsarme Seen und Flüsse und ist in fast allen Gewässern Berlins gut angesiedelt. Er vermehrt sich in Berlin sehr schnell und bleibt dadurch mehrheitlich kleinwüchsig. Dies nennt man im Fischerjargon:„Verbuttung“. Der Barsch erhielt seinen Namen wohl durch seine stachelige Rückenflosse und die rauen Schuppen, die an den Enden mit kleinen Dornen versehen sind. Auch hinter dem Kiemendeckel befindet sich ein starker Dorn, der bei unvorsichtiger Handhabung nach dem Fang zu Verletzungen führen kann.
Die Brasse ist ein Friedfisch, der sich im Gegensatz zu Raubfischen nicht von anderen Fischen ernährt und die heutige Leitfischart Berlins. Sie bevorzugt strömungsarme Gewässer und kann vor allem in der Spree und den innerstädtischen Kanälen zu prächtigen Exemplaren heranwachsen. In der Vergangenheit gab es regelrechte Massenbestände und die Brasse musste intensiv befischt werden. Auch heute noch sollen gefangene Brassen nicht wieder frei gelassen werden.
Die Güster gehört zur Familie der Karpfen und ist ebenfalls ein Friedfisch. Sie bevorzugt stehende oder sehr langsam fließende Gewässer und hält sich gerne zwischen Wasserpflanzen in Ufernähe auf. Bei Fischern ist die Güster äußerst unbeliebt, da sie als Speisefisch nicht geschätzt wird und mit anderen beliebteren Karpfenarten in territorialer Konkurrenz steht.
Hechte bevorzugen Gewässer mit viel Vegetation, ausreichender Sichtweite und guten Unterstandsmöglichkeiten, in denen sie zwischen Wasserpflanzen und Steinen auf Beute lauern. Leider bieten die wenigsten Berliner Gewässer solche Bedingungen und auch der Hechtbestand muss regelmäßig aufgestockt werden. Jungfische ernähren sich im ersten Monat von Kleinkrebsen. Dann stellen sie sich auf Fische, Amphibien und kleine Wasservögel um. Hechte sind sehr schnellwüchsig: bei durchschnittlich 19°C warmem Wasser erreichen sie bereits nach 7 Monaten eine Länge von 50 cm. Sie können 40 bis 50 Jahre alt werden.
Der Karpfen ist ein großer Friedfisch und in vielen Gewässern Berlins zu Hause. Ihn zu fangen ist keine einfache Angelegenheit, da der Karpfen mit all seiner Kraft darum kämpft, im Wasser zu bleiben. Der Karpfen bevorzugt warmes Wasser, deshalb ist er in der Nähe von Kühlwassereinleitungen der Kraftwerke von Havel, Spree und Teltowkanal zu finden. Auch wenn es dem Ruf des Karpfens nicht entspricht, bevorzugt dieser Fisch sauerstoffreiches Wasser und so sucht er vor allem in den Sommermonaten Gewässerabschnitte mit besseren Sauerstoffbedingungen auf.
Der Kaulbarsch ist in den Gewässern Frankreichs bis Ostsibiriens beheimatet. Er lebt gesellig und schließt sich gern zu kleinen Schwärmen zusammen. Als Wohngewässer bevorzugt er Brackwasserbereiche und langsam fließende Flüsse und Ströme und ist somit auch in der Spree zu finden. Der Kaulbarsch hält sich vor allem am Grund auf. Hier ernährt er sich von typischen Bodenbewohnern wie Insektenlarven, Flohkrebsen und Würmern.
Dieser Fisch hat dem Plötzensee seinen Namen gegeben. Die Plötze, auch Rotauge genannt, ist in vielen Gewässern Berlins Hauptfischart. Sie lebt meist in Schwärmen nahe der Wasseroberfläche oder in pflanzenreichen Uferzonen. In der Spree und den innerstädtischen Kanälen sind die Fische meist sehr groß gewachsen. Hier findet man weniger Fische als z.B. in der Unterhavel. Ihre Nahrung sind Kleintiere aller Art, Wasserpflanzen und Fliegen.
Die Quappe ist in Berlin stark vom Aussterben bedroht und nur noch vereinzelt in der Rummelsburger Bucht oder der Dahme, in die die Spree mündet, zu finden. 2002 wurde die Quappe zum Fisch des Jahres ernannt. Sie ist zwar auch im Brackwasser von Flussmündungen zu finden, bevorzugt aber das Süßwasser tiefer Seen und kühler Flüsse in einem Temperaturbereich von vier bis 18 Grad Celsius. Die Quappe lebt auf kiesigem oder sandigem Grund, wo sie sich tagsüber häufig unter Wurzeln, Steinen und zwischen dichter Vegetation aufhält. Schlammigen Bodengrund meidet sie und ist deswegen in Berlin auf Grund der Bodenverschlammung durch Abwässer und Stauanlagen kaum noch zu finden.
Obwohl der Rapfen schnell fließende Gewässer bevorzugt, ist er relativ häufig in der Rummelsburger Bucht und im Kupfergraben vorzufinden. Durch den Bau des Main-Donau-Kanals konnte er vom Osten nach Westeuropa einwandern und fand so auch seinen Weg nach Berlin. Als Jungtier lebt er wie ein Friedfisch von Pflanzen und Kleintier, ernährt sich jedoch im fortgeschrittenen Alter wie ein Raubfisch. Er ist einer der wenigen zahnlosen Raubfische. Er besitzt allerdings Schlundzähne, mit denen er seine Beute zerkleinert.
Die Rotfeder ist ebenso wie die Plötze in fast allen Berliner Gewässern anzutreffen. Der Fisch bevorzugt die mit Schilf, Seerosen und Unterwasserpflanzen bewachsenen Uferregionen. In Berlin sind von solchen naturnahen Uferabschnitten nur noch wenige Stellen übriggeblieben, so dass der Bestand an Rotfedern zurückgegangen ist. Ihre Eier und Larven haften an Wasserpflanzen, Wurzelwerk und Steinen. Eine Bastardisierung zwischen Rotauge (ein anderer Name der Plötze) und Rotfeder kommt vor. Nahrung sind Kleintiere aller Art, Wasserpflanzen und Anfluginsekten.
Der Zander ist kein einheimischer Berliner Fisch. Da er menschlichen Umwelteinflüssen gegenüber tolerant ist, hat er sich in der Spree aber gut angesiedelt. Man kann ihn manchmal sogar im innerstädtischen Kanal vorfinden. Er ist ein Raubfisch und frisst andere kleine Fische, manchmal auch seine eigene Brut.
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